“内蒙古自治区农牧业科学院特色作物研究所”即之前的“内蒙古自治区农牧业科学院甜菜研究所”，内蒙古自治区农牧业科学院甜菜研究所始建于1952年，为甜菜试验场。1958年扩建为内蒙古特种作物研究所，1961年并入内蒙古农研所，成立经济作物系。1980年内蒙古自治区农业科学院成立，随之改名成立甜菜研究所，一直至今。

主要从事糖用甜菜、饲用甜菜、油用亚麻、纤维亚麻、裸燕麦、草用燕麦、马铃薯等作物的新品种选育、配套丰产栽培技术措施集成、病虫害防治、专用配方施肥及生物技术研究工作。是国家糖料改良中心呼和浩特甜菜改良分中心，是内蒙古自治区甜菜引智成果示范基地，是国家及内蒙古自治区甜菜品种抗丛根病性鉴定单位。是我国华北地区甜菜的科技支撑单位。是自治区甜菜、亚麻、燕麦的科技支撑单位，在甜菜抗丛根病品种选育方面处于国内领先水平。

　20世纪80年代以来共获得省部级科技进步一、二、三等奖26项，全国农牧渔丰收一、二、三等奖11项，先后在国内外专业学术期刊、学术会议上发表论文200余篇，编写学术论著13部。先后育成各类新品种48个，其中糖用甜菜新品种14个，抗丛根病糖用甜菜新品种5个，单粒抗丛根病雄性不育杂交种2个，饲用甜菜新品种2个，水、旱地裸燕麦新品种3个，草用燕麦新品种1个，油用亚麻新品种5个，纤维亚麻新品种2个，马铃薯新品种12个。

处于国内领先水平的研究成果有：在国内首批育成了甜菜雄性不育系和保持系；育成我国第一个饲料甜菜新品种“内饲五号”；首次提出甜菜丛根病在我国东北、西北地区的蔓延趋势及毁灭性危害问题；育成我国第一个在丛根病地块含糖率达16%以上甜菜抗丛根病新品种“内甜抗201”；育成我国首批甜菜单粒抗丛根病雄性不育系和保持系；育成我国首批甜菜单粒抗丛根病雄性不育杂交种“内甜单1”；在国内首次发现核不育亚麻，育成了丰产、高油、抗病油用亚麻新品种“轮选一号”；选育出我国首个白皮专用亚麻新品系；育成了自治区第一个纤维亚麻新品种“蒙纤亚一号”，育成了原茎产量、纤维产量、工艺长度、长麻率高、抗倒伏的纤维亚麻新品种“内纤亚二号”；选育出我国首个草用燕麦新品种“草莜一号”，粮饲兼用高产裸燕麦新品种“燕科一号”。

成立以来，甜菜育种研究室紧密围绕甜菜种质创新及品种选育这一中心任务，从品种资源、遗传、生物技术、植保等多方面开展研究工作。目前是国家糖料改良中心呼和浩特甜菜改良分中心，是内蒙古自治区甜菜引智成果示范基地。配备有进行转基因技术和现代生物技术所需的全部仪器和设备，同时也装备有用于检测丛根病病毒的酶联免疫测定仪等相关仪器设备，为国家及自治区甜菜品种抗丛根病鉴定单位。现承担“十四五”国家糖料产业技术体系项目、国家科技支撑项目、国家公益性行业（农业）科研专项项目、国家科技部成果转化资金项目、国家“糖料改良中心呼和浩特甜菜改良分中心”二期建设项目、自治区科技厅农作物关键技术研究项目、内蒙古自治区科技创新基金项目。课题组研究成果先后获得内蒙古自治区科学技术进步一等奖、农业部科技进步三等奖、内蒙古自治区科技进步三等奖、内蒙古自治区科技进步二等奖等多项奖项。发表论文数百篇，参编专著3部。育成各类糖用甜菜新品种20个，饲用甜菜新品种2个。其中“内甜抗201”获自治区科学技术进步一等奖，“内饲五号”获内蒙古自治区科技进步二等奖。根据甜菜育种中现存问题及学科发展需求，目前在甜菜生物技术方面逐步开展了甜菜组织培养、甜菜基因工程及分子标记辅助育种等研究工作，并于2003年开展了甜菜航天育种技术研究。

甜菜栽培研究室主要从事甜菜栽培与耕作技术、营养与肥料、生理生化研究。该课题先后主持、参加国家和自治区的科学研究和新技术推广多项，荣获农业部和自治区科技进步奖和丰收奖多项。参加的“内蒙古半干旱区甜菜需水规律及灌溉制度的研究”，该成果属甜菜灌溉方面的重大成果，较系统的研究内蒙古半干旱区甜菜需水规律及灌溉制度，其中甜菜节水灌溉动力学模型属国内首创，该项目荣获农业部科技进步三等奖。“九五”期间和“十五” 所争取到重大投资项目“国家糖料中心呼和浩特分中心”建设项目；主持国家农业综合开发育草基金项目《饲料甜菜原种基地建设项目》建设项目，主持和参加国家和内蒙古自治区项目多项。多次荣获内蒙古自治区农牧厅奖项。现承担国家甜菜产业技术体系项目，发表论文50多篇。

亚麻研究室作为全国亚麻攻关课题主持单位，组织华北西部地区各亚麻育种单位进行联合攻关，为我国亚麻事业的发展发挥了积极的作用。主持的项目有全国亚麻联合攻关（农业部项目），同时主持了多项国家自然基金、科技部“863”项目、成果转化项目、农业部跨越项目、“948”项目、国家特色油料产业技术体系胡麻品质育种岗位和胡麻综合防控岗位，自治区自然科学基金项目、自治区科技计划项目、自治区财政支持农牧业科技推广示范项目、自治区农牧业科技转移转化资金项目、自治区科技创新基金项目。选育出了“轮选一号”、“轮选2号”、“内亚六号”、“内亚九号”、“内亚十号”等优良亚麻品种多个，课题组的研究成果分别获自治区科技进步一等奖2项，二等奖1项，农牧业丰收一等奖2项、二等奖1项等，颁布地方标准3项，实用新型专利3项，发表论文80多篇，出版专著5部。特别是拥有国内外首次发现的显性核不育亚麻资源材料，并开展了遗传规律及利用途径的研究。研究成果填补了国内外研究的空白，为开创亚麻新的育种途径奠定了基础；并获得国家发明专利1项。

燕麦研究室主要从事燕麦育种和栽培工作，同时也进行燕麦各类资源的收集、鉴定、保存、综合利用工作；还开展了燕麦野生资源调查鉴定、自然区划、新育种手段研究等工作；目前探索性开展了燕麦生物技术和航天育种工作。通过六倍体裸燕麦品种间杂交、六倍体皮裸燕麦种间远缘杂交，育成裸燕麦新品种四个、新品系一批、鉴定成果多项、获奖成果三项，其中“内燕五号”获内蒙古科技进步三等奖。现承担“十二五”国家燕麦荞麦产业技术体系项目，先后育成燕麦新品种五个、新品系一批、鉴定成果多项、获奖成果三项，发表研究论文50余篇，参编专著4部。